Dal 28/04/2025 la Loggia Esoterica del Mediterraneo è ammessa alla Federazione delle Logge di San Giovanni, un gruppo di Logge Libere e Sovrane che riuniscono Fratelli Liberi Muratori, iniziati nei modi tradizionali e regolarmente elevati al Grado di Maestro Massone, che intendono operare in rapporto di reciproco scambio e di Fratellanza.